১৯৭৩ সালে জাতির পিতা বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমান এর নির্দেশের প্রেক্ষিতে সর্বপ্রথম ১৯৭৭ সালে বাংলাদেশ হাওর উন্নয়ন বোর্ড গঠিত হয়। তবে ১৯৮২ সালে তদানীন্তর সরকারের এক আদেশে তা বিলুপ্ত হয়। মাননীয় প্রধানমন্ত্রীর একান্ত ইচ্ছায় এক রিজলিউশনের মাধ্যমে ২০০০ সালে বাংলাদেশ হাওর ও জলাভূমি উন্নয়ন বোর্ড আবার গঠিত হয়। পরবর্তীতে ১৭ নভেম্বর, ২০১৪ তারিখের কেবিনেট সভায় এ বোর্ডকে পানি সম্পদ মন্ত্রণালয়ের একটি অঃঃধপযবফ উবঢ়ধৎঃসবহঃ হিসেবে গঠনের সিদ্ধান্ত গৃহীত হয়। সকল আনুষ্ঠানিকতা শেষে ২৪ জুলাই ২০১৬ তারিখে পানি সম্পদ মন্ত্রণালয় কর্তৃক বাংলাদেশ হাওর ও জলাভূমি উন্নয়ন অধিদপ্তর গঠনের প্রজ্ঞাপন জারি করা হয়েছে।
বাংলাদেশ হাওর ও জলাভূমি উন্নয়ন অধিদপ্তরের উপদেষ্টা পরিষদের প্রথম সভা ৫ মে ২০১৬ তারিখে মাননীয় প্রধানমন্ত্রীর কার্যালয়ে তাঁর সভাপতিত্বে অনুষ্ঠিত হয়। সভায় অধিদপ্তরের সক্ষমতা বৃদ্ধির জন্য গুরুত্বপূর্ন সিদ্ধান্ত গৃহিত হয়েছে। তার মধ্যে পানি সম্পদ মন্ত্রণালয় কর্তৃক “বাংলাদেশ হাওর ও জলাভূমি উন্নয়ন জাতীয় কমিটি” গঠনের প্রজ্ঞাপন ইতোমধ্যে জারি করা হয়েছে। তাছাড়া অধিদপ্তরের জন্য ৭১টি নতুন পদ সৃষ্টির প্রস্তাব জনপ্রশাসন মন্ত্রণালয় অনুমোদন করেছে যা অর্থ বিভাগের অনুমোদনের জন্য প্রেরণ করা হয়েছে।
পরিকল্পনা ও বাস্তবায়নে: মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ, এটুআই, বিসিসি, ডিওআইসিটি ও বেসিস